高迎祥被害后，恰好清軍入關，盧象升奉調緊急入援京師，王家禎接替了他的職位，起義軍主力再度活躍。不久，楊嗣昌任兵部尚書，集中了優勢兵力，加強了對起義的鎮壓。崇禎十年八月，張獻忠在南陽與明左良玉部發生了遭遇戰，張獻忠被射中眉心，又被砍傷面部，傷勢較重。其他各支起義軍也屢遭敗績。這時，在楊嗣昌的極力推薦下，熊文燦接替王家禎總理五省軍務。熊文燦原是兩廣總督，以招撫解決了沿海的海盜問題，他常將搜刮來的財寶獻給朝中大臣，于是大臣便常為他說好話。崇禎帝對他不放心，派出一名太監，以采辦藥材為名進行暗訪。熊文燦又大獻殷勤，一日，太監說起中原戰亂，熊文燦有些醉了，拍著桌子大罵： “這都是因為諸臣誤國，若我去，怎會讓盜賊鬧到這個地步!” 太監大為感動，說出自己的真實使命，并說將請求皇帝讓他去鎮壓起義。熊文燦這下慌了，忙擺出 “五難四不可” 來推托，太監笑著說，這都可以解決。不久，任命果然下來。熊文燦根本不會用兵打仗，這回吹牛討了苦差，便把希望寄托于招撫，正好經過前段苦戰，明軍已取得明顯優勢，招撫得以順利進行。崇禎十一年，張獻忠部在谷城投降，羅汝才部受招于房縣，活動于湖廣、河南的各支起義軍也相繼接受了招安，起義進入低潮。張獻忠受撫之后，既不肯去鎮壓其他農民軍，也不肯改編或遣散部下，將1萬多人馬駐于谷城，常常操練，令士兵屯田，與民間公平交易，為部隊籌備糧食裝備。熊文燦及其大小貪官不斷來索要財物，更激起降軍將士的不滿。第二年春，熊文燦等秘密調來大批軍隊，企圖以迅雷不掩耳之勢，一舉殲滅張獻忠部。張獻忠先發制人，再次舉起了義旗，不久羅汝才等部也起而響應。