梃擊一案結束，太子朱常洛的地位總算確立，由于他幫助皇帝迅速了結此案，神宗從此對他另眼相看。慮及將來，鄭貴妃只好極力奉承太子，她看出常洛也是貪財好色之徒，便不時贈以錢財，又挑了8名宮女送給他。飽受冷遇的太子，生活一下轉變，便沉溺于酒色之中，對貴妃的怨恨也煙消云散。他本來身體單薄，這一來，很快就垮了。萬歷四十八年七月，神宗病逝，八月，朱常洛登基，后廟號為光宗。這時，光宗已病弱不支，勉強支撐才完成了登基大典。盡管如此，他仍縱欲不止。一天，宮中設宴，群姬歌舞，光宗按捺不住，又連夜縱欲，第二天就爬不起來了。鄭貴妃令內侍崔文升來診治，崔說是邪熱內蘊，便開了清火通利的藥品。光宗服藥后，一夜間腹瀉三四十次，次日便不能動彈了。光宗自知病將不起，開始交待后事。八月二十九日，他召見了方從哲等大臣，當面將長子朱由校托給大臣。隨后，皇帝問道： “鴻臚寺有人來進藥，他在哪里?” 方從哲說： “鴻臚寺寺丞李可灼說他有仙方，可臣等都不敢相信。”自知不行的皇帝病急亂投醫，叫趕緊讓他來獻藥。李可灼獻上的藥是一種紅色藥丸，皇帝剛服下覺得似乎好些，還吃了點東西，諸臣聽說都很高興。下午李可灼從宮內出來，方從哲迎上訊問，從哲說皇帝好多了，恐怕藥力不足，他又加服一個紅丸。第二天早上，皇帝駕崩了。在明朝歷史上，神宗是在位時間最長的皇帝，可他的兒子光宗，是在位時間最短的，只有29天，連年號都沒來得及改。實際上，光宗已病入膏肓，誰都無法治好，但由于吃了江湖怪藥，事情就復雜了，黨爭又找到絕好題目。這一次，不但要追查鄭貴妃，方從哲也被指為弒逆者，被迫辭職，李可灼被充軍，崔文升貶放南京。